动物科学与食品工程学院现有南京市兽医学重点学科、金陵科技学院畜牧学重点学科及化学与食品重点学科（与理学院共建），其中，兽医学重点学科分兽医生物技术、动物疫病防控及小动物保健三个学科方向、畜牧学重点学科分为智慧畜牧+生物技术和智慧养殖二个方向；化学与食品重点学科分为动物源食品加工及食品检验新技术二个学科方向。学科建设有力的支撑了动物医学、动物科学及食品科学与工程三个专业的建设。2020年，动物医学专业获批江苏省特色专业建设点。学科建设也推进了实验室平台资源建设，动物生物技术实验室获批南京市重点实验室及职工创新工作室，校企共建有肉鸽工程技术研究中心（与南京东沟鸽业有限公司共建）、南京市蛋鸡智能化生产工程技术研究中心（与南京禄口禽业发展有限公司共建）、南京市宠物新型兽药制剂工程中心（与南京金盾动物药业有限公司共建）等平台6个。建成了中央财政资金资助地方高校建设平台“特禽生产与质量控制实践教育中心”。进入“十四五”发展时期，学院将全面启动对接南京市有关部分及企业，开展学科及专业及人才培养上深度融合，实现产学研合作全方位合作。